La historia del pueblo comienza desde la reducción hecha por el dominico Fray Lorenzo de la Nada, hacia el año de 1600, para entonces en pueblo de Sabanilla se divide en dos puntos principales; uno se llamó Yok-lum en la lengua Ch’ol, que traducido al castellano significa «pie de pueblo» y el segundo se le conoce como Jo-lum en la misma lengua, significa «cabeza de pueblo». Hacia el año 1700 ocurre una sequía en la región por lo que muchos habitantes de los pueblos de Moyos, Tumbalá, Yajalón, Tila y Petalcingo emigran en busca de tierras fértiles y húmedas, las cuales hallan en el área de Sabanilla.

El Nuevo Pueblo de Sabanilla fue fundado en el año 1773 por iniciativa de 150 habitantes de la comunidad de Moyos (hoy perteneciente al municipio de Sabanilla) que huyeron de la fuerte hambruna provocada por la sequía. El asentamiento fue respaldado por Fray Antonio Nájera, sacerdote responsable de la parroquia de Moyos. En una declaración escrita al obispado solicitaron la autorización y bendición de una ermita. Tras consulta a su majestad el Rey de España, Carlos III, la concesión fue realizada en un escrito firmado con fecha 23 de abril de 1773.